回答:
飛び出た部分をハンマーで左右から叩き、L字型に曲げる。見栄えを重視するならグラインダで削る。
先端が飛び出てしまった
木材の厚みに対し釘の長さが長い場合、木材を貫通して釘の先端が飛び出します。
飛び出していると皮膚を引っかけたりする恐れがあり危ないため、ハンマーで左右から叩いて、L字型に曲げます。
曲げた後は、木材に埋め込む要領で上から叩いてします。
見栄え重視の場合
飛び出た部分を、グラインダで削り落とします。
電動グラインダをもっていない場合、飛び出た部分をニッパーで切り落としましょう。
焼き入れしてある釘で硬度が高い場合、ニッパーでは作業が大変ですので、喰切（釘切り）という専用工具を使います。
喰切
ホビーや日曜大工などに。針金の切断や釘抜きに便利です（軟鋼用）
引用元: ホームセンターDCMオンライン
ニッパーでも喰切でも、切断箇所が少し山型にとがりますので、サンドペーパーで滑らかにします。
または、木材用接着剤をかぶせて養生します。木材用接着剤をチューブから手ごろな紙の上に出し、粘度が上がってきたらつまようじ等を使って取り、とがった箇所に盛ります。粘度が上がるのを待つのは、液だれを防ぐためです。