回答:
原則、防水性はない。ただし、木工用ボンドを接着用途では使わず、一旦乾燥させることができれば少しの水は大丈夫。
解説
木工ボンドの防水性は？
木工ボンドの粘度と色合いは、タイルの目地に使われる防水シーリング材に似ているので、防水性がありそうに感じます。
実際はどうなのでしょうか。
木工用ボンドの仕組み
この疑問に答えるには、まず基本的な木工用ボンドの成分から説明します。
木工用接着剤の代名詞となった木工用ボンドをはじめ、一般的には酢酸ビニル系の樹脂が接着成分です。
樹脂は水に溶けませんが、化学処理により水に溶けるようにして、混合した液状にしています。
接着成分を溶かした水が大気中に蒸発したり、接着する基材に吸収されたりして、ボンドの液体の中から水分が飛ぶと固まります。
防水性の考え
一旦、透明になるまで乾燥すると、接着剤成分の樹脂同士が密集します。
でも、接着剤成分同士が近づいたから引力が増しただけで、何か耐水性のある成分に変化したわけではありません。
樹脂同士が密集すると水は入りにくくなりますが、再度元の混合液体に戻ろうとしますので、接着が弱くなってしまいます。
メーカーも、耐水性が必要なところでは使わないこと、と製品本体の説明書に書いています。
接着しないなら使える？
接着はしない、つまり密着力の心配はせず、そのうえで塗布物の表面を覆って防水したい場合、
ずっと水と接触するのでなければ、ごく短時間の防水として使えないことはありません。
一旦乾燥した後は、水が内部に浸入するまで時間がかかりますので、短時間ならボンドを塗ったところを水から保護することができます。